纤维球过滤器判断何时反冲洗主要是看水头损失和出水水质，其次是看滤层上部过滤水面的变化（滤层孔隙率随过滤时间的延长而不断降低，过滤速度也随时间的延长而减小，导致滤层上部过滤水面不断上升，此时应对纤维球滤料进行反冲洗）。在反冲洗过程中由于滤料之间各种作用力的共同影响，使纤维球相互粘结形成一个整体，如果一开始使用水洗或气水联合反冲洗，除了滤层低部少许纤维球滤料处于自由运动状态外，几乎整个滤层全部被托起，无法对截留了污染物的纤维球滤料进行有效的反冲洗。如果在反冲洗过程中一开始用气冲洗，由于纤维滤料相对密度较小，使纤维滤床在反冲洗时难以形成良好的流化状态，若床层高度与直径的比值过大或气速过高或气体分布不均匀，会发生气泡合并现象，当气泡直径长到与床层直径相等时气泡将床层分几段，形成相互间隔的气泡层与纤维层，纤维层被气泡推着向上运动到达上部后气泡突然破碎，纤维球则分散落下，产生腾涌现象，发生腾涌现象时，不但使得气-固接触不均匀，纤维球和器壁间的磨损加剧，而且引起设备振动。
      因此，应选择在反洗的开始阶段将过滤器内注满反洗水后再进行气冲，目的是使粘结在一起的纤维球滤料充分冲散开来，接着再进行气水联合反冲洗，后在进行水冲，这样可以有效的清除纤维球滤料表面上截留的污染物，在反洗完成后应用清水正向清洗几分钟，使从纤维球脱落未冲洗出去的污染物散落在床层，以防止其在刚开始过滤过程中影响过滤器的出水水质。
      纤维球滤料气水反冲洗中各个参数的影响主次顺序为：气冲强度—气水同冲时间—水冲强度—单水漂洗强度。反冲洗的强度和时间与污水的性质和纤维球的截泥量有关，这需要在实际应用中根据现场情况进行恰当的选择，反洗时不能将滤球内部所有悬浮物都冲洗干净作为反洗的终点，通常以反冲出水中悬浮物浓度作为反冲终点。当纤维球过滤器反冲洗后直接降下压紧装置，此时部分滤料仍处于悬浮状态，正常过滤时部分滤料存留在压紧装置上，影响过滤效果。因此，建议搅拌反冲洗结束后，先正向过滤几分钟，至滤料完全降落后，降下压紧装置，进行正常的过滤阶段。